Ciao a tutti.
Vorrei fare una precisazione.
Valorizzando il campo "dominio del sito" nel plugin SEF, viene sì creato un link tag per il canonical URL, ma è un canonical URL fake.

È fake perché il plugin non fa altro che prendere l'URL della pagina corrente (inserendo il parametro "dominio del sito") e impostarlo come canonical (andate a vedere il codice del plugin). Naturalmente questo è sbagliato, come può confermare chiunque conosca in maniera approfondita l'argomento.

Per impostare un canonical URL corretto dovete rivolgervi alle estensioni presenti della JED.
Ce ne sono per tutti i gusti (alcune funzionano bene, altre meno) e vi permettono sia di generare il canonical URL automaticamente, che di inserirne uno personalizzato.