Ti faccio un esempio pratico.

Sul tuo sito hai una categoria di articoli che si chiama "Joomla extensions".
Di questa categoria fanno parte due articoli con i seguenti alias:

plugin-social-per-joomla
componente-viaggi-per-joomla

Il tuo menu di navigazione prevede una voce che punta alla categoria "Joomla extensions" e due sotto voci di menu con alias "plugin-social" e "componente-viaggi" che puntano ai due articoli citati sopra.

Ora che succede? Che ogni articolo può essere raggiunto da due URL:

/joomla-extensions/plugin-social-per-joomla
/joomla-extensions/plugin-social

/joomla-extensions/componente-viaggi-per-joomla
/joomla-extensions/componente-viaggi

Con il plugin system sef di Joomla, avrai un canonical diverso a seconda da quale indirizzo arrivi, e quindi - agli occhi dei motori di ricerca -, contenuti duplicati.

Un plugin che imposta correttamente il canonical invece, ti piazza sulla pagina sempre lo stesso canonical.
In questo caso quello giusto è, per ovvi motivi, quello linkato da menu, che ha precedenza su quello di categoria.

N.B. Ho messo solo due duplicati URL per articolo, ma ce ne sono molti di più.
Questo ad esempio è un altro formato che i crawler usano per trovare contenuti tramite id articolo e id categoria:

https://miosito.com/?view=article&id=8&catid=10

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