Grazie per il tuo contributo, ma ritengo che @jabba abbia ragione.
Il Plugin SEF risolve i problemi legati alle URL contenenti "index.php", ma non interviene sulle URL duplicate, come nell'esempio citato in precedenza, in cui due URL differenti puntano allo stesso articolo:
a) https://www.sitoweb.it/categoria1/652-testo-esempio-articolo-joomla-prova-prova-prova,-prova-prova.html
b) https://www.sitoweb.it/categoria1/652
Nel caso dell'URL b):
1)senza Plugin "Aimy Canonical" ho il seguente canonical ERRATO-> <link href=https://www.sitoweb.it/categoria1/652 rel=canonical>
2)con il Plugin "Aimy Canonical" ho il seguente canonical CORRETTO-> <link rel=canonical href=https://www.sitoweb.it/categoria1/652-testo-esempio-articolo-joomla-prova-prova-prova,-prova-prova.html>
Inoltre, il plugin non gestisce nemmeno le URL duplicate generate da ricerche effettuate tramite com_finder, come nel caso seguente:
c) https://www.sitoweb.it/categoria1/652-testo-esempio-articolo-joomla-prova-prova-prova,-prova-prova.html?highlight=WyJtaWxpdGFyZSJd
In questo caso c):
1)senza Plugin "Aimy Canonical" ho il seguente canonical ERRATO-> <link href=https://www.sitoweb.it/categoria1/652-testo-esempio-articolo-joomla-prova-prova-prova,-prova-prova.html?highlight=WyJtaWxpdGFyZSJd rel=canonical>
2)con il Plugin "Aimy Canonical" ho il seguente canonical CORRETTO-> <link rel=canonical href=https://www.sitoweb.it/categoria1/652-testo-esempio-articolo-joomla-prova-prova-prova,-prova-prova.html>
A conferma di questo Bing Webmaster Tool mi ha inviato alcuni warning come nella seguente figura:

i warning del tipo Too many pages with identical meta descriptions e Molte pagine con titoli identici sono causate dalla pagine duplicate come queste:
d) https://www.sitoweb.it/categoria1/652-testo-esempio-articolo-joomla-prova-prova-prova,-prova-prova.html
e) https://www.sitoweb.it/categoria1/652-testo-esempio-articolo-joomla-prova-prova-prova,-prova-prova.html?highlight=WyJtaWxpdGFyZSJd
Le URL d) ed e) per Bing sono pagine "diverse" con titoli identici ma in realtà sono lo stesso articolo.
Ritengo quindi che il Plugin "Aimy Canonical" sia necessario anche se il Plugin SEF è attivo e configurato.
Che ne pensate?