L'unica cosa che mi viene in mente sono i permessi dell'utente di apache. Il server lo gestisci tu? I file e cartelle possono essere modificati anche da www-data?
Altra cosa: quando ci sono errori del genere di solito saltano fuori messaggi più espliciti nei log del server: controlla i log di apache per vedere se c'è qualche info in più. Ciao
