Veniamo al tuo dubbio, che è più che lecito. La risposta breve è: sì, puoi tornare tranquillamente agli URL senza /it/, ma vanno disattivati i pezzi giusti nell'ordine giusto, altrimenti il prefisso lingua resta agganciato.

Hai già fatto bene a sospendere i due menu e a disattivare il plugin System - Language Filter. Quello che spesso sfugge è che il prefisso /it/ non lo genera il menu, ma proprio il Language Filter: finché è attivo (o finché restano impostazioni multilingua a monte), Joomla continua a costruire le URL con il codice lingua.

Ecco i punti da controllare per chiudere il cerchio:

1. Plugin System - Language Filter → Disabilitato (fatto ). È lui il responsabile del /it/.

2. Lingue del sito (Sistema → Gestione → Lingue → Lingue del sito se hai una sola lingua installata e impostata come predefinita, perfetto. Il problema nasce quando restano due lingue di contenuto "attive".

3. Lingua di default in Contenuti → Articoli: assicurati che gli articoli siano impostati su "Tutti" (*) e non sulla lingua specifica Italiano (it-IT). Se sono ancora taggati it-IT, alcune configurazioni continuano a comportarsi in modo anomalo.

4. Plugin System - Languagecode (se l'avevi toccato): lascialo disattivato.

Fatto questo, svuota la cache (Sistema → Pulisci cache) e le URL torneranno nella forma miosito.it/mioarticolo.

️ Un'unica accortezza importante, da vero amministratore prudente: se quelle pagine con /it/ sono già state indicizzate da Google, prima di cancellare tutto valuta dei redirect 301 da miosito.it/it/mioarticolo verso miosito.it/mioarticolo. Su Joomla puoi gestirli comodamente dal componente nativo Reindirizzamenti. Eviti così errori 404 e perdita di posizionamento. Se il sito è giovane o quelle URL non sono mai uscite "in pubblico", puoi anche soprassedere.

Facci sapere se dopo questi passaggi gli URL si sistemano — e se ti capita di vedere ancora il /it/ da qualche parte, segnala pure com'è configurata la sezione Lingue, che ci ragioniamo insieme.