Due commenti fa ci sono un paio di esempi.
Replicandoli puoi appurare tu stesso che il canonical generato dal system sef non è un vero canonical.
Sono uno sviluppatore e ho realizzato un plugin, presente anche nella JED.
Non sono intervenuto a scopo promozionale, ma a scopo informativo.
Considerato che è più di un anno che mi sto occupando di canonical & co, ho voluto mettervi a conoscenza che il system sef di Joomla non funziona per quanto riguarda la generazione di canonical url.