La posizione è definita dal template. Il messaggio sarà caricato in una specifica posizione definita dentro l'indez.php del template.
Hai due possibilità:
fai un override dell'index.php del template e ti sposti l'output dove vuoi te
usi un'estensione tipo engagebox di Tassos (direi la versione a pagamento) e sposti quei messaggi in un popup: https://www.tassos.gr/blog/how-to-display-joomla-system-messages-in-popup